Sejak para dokter peminat Nefrologi mengikuti Asian Colloquium in Nephrology yang pertama di Singapura, 1974, timbul keinginan untuk mempersatukan diri dalam organisasi ilmiah yang bergerak dalam bidang Nefrologi. Kemudian pada tanggal 5 Otober 1976, dalam kongres I diresmikanlah Perhimpunan Nefrologi Indonesia (PERNEFRI). Berturut-turut para anggota mengikuti kegiatan Colloquium di Bangkok November 1976, Tokyo Oktober 1979. 

Sejak Februari 1977 PERNEFRI telah diterima menjadi anggota International Society of Nephrology, yang kemudian diakui resmi dalam kongres di Montreal Juni 1978. Dan pada tanggal 6 Juli 1979 mendapat pengakuan dari PB IDI. Konker PERNEFRI I pada tanggal 19 Juni 1979, di Jakarta, memutuskan untuk segera merealisir Bulletin PERNEFRI, mulai mencalonkan diri untuk menjadi tuan rumah Colloquium ke-5, dan menyetujui pemberian brevet keahlian Nefrologi. 

Pada periode itu PERNEFRI mengangkat 3 orang anggota luar biasa, yaitu Prof. J de Graeff, Prof. T. Takeuchi, Prof. Kazuo Ota. Pakar-pakar Nefrologi yang datang ke Indonesia pada masa itu adalah Prof. J de Graeff (Leiden), Heptistall (USA), K Oshima dan T. Takeuchi (Jepang).

Kongres ke2 PERNEFRI di Jakarta, 27 September 1981, mulai merealisir Yayasan Ginjal Indonesia, dengan badan pendiri 5 orang yang terdiri dari berbagai bidang keahlian yaitu Dr. RP Sidabutar, Dr. Ny. Hermanses (anak), Dr. Djoko Rahadjo (bedah), Dr. Soetisna Himawan (patologi anatomi), Dr. Nico Lumenta (swasta). Diputuskan pula adanya ahli ginjal dan konsultan nefrologi. Sebanyak 14 anggota diberikan gelar nephrologist yaitu Dr. RP. Sidabutar, Dr. Roemiati Oesman, Dr. Pudji Rahadjo, Dr. MS Markum, Dr. Jose Roesma, Dr. Imam Parsoedi, Prof. Dr. Boesjra Zahir, Dr. Enday Sukandar, Dr. I Made Sukahatya, Dr. Suwanto, Dr. Wila Wirya, Dr. Husein Alatas, Dr. Taralan Tambunan, Dr. Harun Lubis, Dr. S. Himawan. Dan 14 anggota lainnya mendapat gelar konsultan nefrologi, yaitu Dr. Nico Lumenta, Dr. Endang Susalit, Dr. Wiguno, Dr. Agus Tessy, Dr. Bachrens, Dr. Silalahi, Dr. Jusman Djafar, Dr. Ardaya, Dr. Yogiantoro, Dr. Rachmat Soelaeman, Dr. Sutjitro, Dr. Sjarifuddin Rauf, Dr. Mochad Syah, dan Dr. Winarni. Dan pada saat yang sama Dr. RP Sidabutar terpilih sebagai ketua umum PERNEFRI yang baru untuk periode 1981 - 1986.

Setelah kongres, pengurus telah menghadap Menkes dalam rangka : a). Kebijaksanaan pelayanan Nefrologi di Indonesia. b). Pembentukan Pusat Ginjal Nasional, c). Yayasan Ginjal Nasional. Telah dibicarakan pula dengan Direktorat Rumah Sakit mengenai bentuk pelayanan Ginjal-Hipertensi di RS tipe A, B dan C. Untuk pertama kali telah dibentuk Dewan Penilai Keahlian PB PERNEFRI yang menetapkan Prof. Boesjra Zahir dan Dr. RP Sidabutar sebagai anggota dewan tersebut.

Kongres luar biasa ke 22 pada Januari 1983 di Jakarta, memutuskan perubahan susunan keanggotaannya menjadi perkumpulan spesialis/dokter ahli. Dilakukan perubahan-perubahan pada AD dan ART untuk menyesuaikannya. Dibentuk pula kurikulum pendidikan ahli Nefrologi oleh seksi pendidikan/ilmiah dan Dr. Imam Parsudi.

Pada kongres/konker di Ujung Pandang 25 Agustus 1987, terpilih kembali Dr. RP Sidabutar sebagai ketua umum PB PERNEFRI 1987-1992. Kepengurusan PERNEFRI ini berlangsung lebih pendek dari yang direncanakan semula oleh karena pada konker/kongres luar biasa yang dilangsungkan di Yogyakarta 24 Juni 1990, telah disepakati pergantian ketua. Terpilih Dr. Pudji Rahardjo sebagai ketua umum yang baru, periode 1990 - 1996. Sejak itu masa kepengurusan dirubah menjadi 6 tahun atau 2 kali konker/KOPAPDI. Diputuskan pula untuk membentuk cabang-cabang PERNEFRI di Medan, Bandung, Semarang, Yogya, Surabaya dan Ujung Pandang.

Setelah dicita-citakan lama sekali, maka pada tanggal 30 April 1993 lahirlah Yayasan Ginjal Nasional Indonesia, yang diketuai oleh Soesilo Soedarman. Melalui YAGINA ini maka perkembangan pelayanan Nefrologi-Hipertensi dapat lebih pesat lagi. Pada masa ini terdapat cukup banyak masalah yang masih harus dituntaskan oleh PERNEFRI, yaitu registrasi nasional untuk dialisis, transplantasi, pendidikan sub-spesialis/pengembangan sumber daya manusia, penelitian ilmiah, kelangsungan hidup majalah Ginjal-Hipertensi, dan Standarisasi Pelayanan Dialisis-Transplantasi, disamping masalah-masalah yang bersangkutan dengan pelayanan masyarakat lainnya.

Ketua umum PB. PERNEFRI yang pertama adalah alm. Prof. Dr. R.P. Sidabutar SpPD-KGH, sedangkan Ketua Umum periode 1993-1999 adalah Dr. H.J. Pudji Rahardjo SpPD-KGH. Dan dalam sidang organisasi yang diadakan di Semarang dalam KONAS PERNEFRI VII tanggal 25 - 28 November 1999 terpilih secara demokratis Ketua Umum yang baru yaitu: Dr. Wiguno Prodjosudjadi PhD. SpPD-KGH.Kemudian dilanjutkan Pada Priode 2005-2011 Oleh Prof.dr. Suhardjono SpPD-KGH, dan tahun 2011-2017 Oleh dr. Dharmeizar SpPD- KGH , dan Untuk Priode saat ini DiKetuai oleh Dr. dr. Aida Lydia , SpPD- KGH

Kepengurusan PERNEFRI yang terakhir ini mempunyai komitment mengabdi masyarakat, dengan hasil-hasil yang dapat terlihat nyata maupun yang baru dapat dinikmati kemudian, yang kita rasakan amat bermanfaat bagi bangsa dan negara. Untuk itu kita selalu mengharap agar PERNEFRI tetap jaya.

PERNEFRI merupakan badan organik IDI dan bersifat otonomi, serta merupakan organisasi kedokteran yang menghimpun para dokter spesialis khususnya di bidang Nefrologi dan Hipertensi.